Оборонительные сооружения крепости Алустон в начале XX века также нуждались в ремонтных работах. Озабоченность судьбой крепостных построек, а также необходимостью сохранения их исторического облика проявили Московское Императорское археологическое общество, Императорская археологическая комиссия и Таврическая учёная архивная комиссия. Затянувшаяся на несколько лет «бюрократическая волокита» благополучно завершилась к осени 1901 года закладкой вывалов и возведением контрфорсов, причём четверть направленных на ремонт средств осталась неиспользованной.
Новые проблемы с сохранением памятника архитектуры возникли в апреле 1909 года, когда обитатели усадеб, смежных с Орта-Куле, обратились к Таврическому губернатору с просьбой относительно башни, пытаясь добиться «распоряжения о снятии верхушки таковой сажени на две и укрепить ее», чтобы обезопасить свои владения от выпадающих из кладки камней. В этот раз вновь Императорская археологическая комиссия озаботилась ремонтом башни без ее разборки.
Императорская археологическая комиссия — первое в Российской империи государственное учреждение по руководству археологическими изысканиями. Она была основана 2 февраля 1859 года по представлению графа Сергея Григорьевича Строганова на основе Комиссии для расследования древностей (существовавшей с 1850 года под председательством Льва Алексеевича Перовского). Комиссия подчинялась министерству императорского двора и уездов.
С 1889 комиссия стала единственным учреждением, выдававшим «открытые листы» — разрешения на раскопки государственных, городских и крестьянских земель (кроме помещичьих земель). Комиссия также занималась охраной и реставрацией памятников архитектуры.
