После ухода византийцев из крепости Алустон в конце VII века, укрепления некоторое время пребывали в запустении, хотя поселение продолжало существовать.
К началу VIII века большая часть Крыма, в том числе Алустон, стали владением Хазарского каганата. Хазары — тюркоязычный народ — в течении VII — VIII вв. расширили свои владения и стали контролировать территорию Предкавказья, Нижнего и Среднего Поволжья, современного Северо-Западного Казахстана, Приазовье, степи и лесостепи Восточной Европы вплоть до Днепра. Как известно, хазарам платили дань большая часть восточноевропейских славянских племен. Центр Хазарского каганата первоначально находился в приморской части современного Дагестана, позже переместился в низовья Волги. Хазары выступали союзниками Византии, и также воевали против арабов, не позволив им завоевать Предкавказье.
Когда точно Алустон вошел в состав каганата достоверно сказать трудно. Весь VIII век хазары вели тяжелые войны с арабами и были в союзе с Византией. Союзные отношения между двумя державами были скреплены в 732 году браком наследника византийского престола (будущего императора Константина V) с дочерью кагана Вирхора принцессой Чичак, названной при крещении Ириной.
При этом в самой Византии внутриполитическая ситуация была очень напряженной. Императоры Исаврийской династии поддержали иконоборцев, начались войны и репрессии против иконопочитателей. Последние стали спасаться бегством на окраины империи — в том числе Крым, принося с собой высокую византийскую культуру, православие, хозяйственные навыки и политические традиции. Несмотря на подчинение Алустона хазарам (поначалу язычникам, а потом — иудаистам), в VIII веке в поселении был построен новый православный храм. В конце VIII века в находящимся неподалеку Партените находился центр православной Готской епархии, и на Аю-Даге началось интенсивное храмовое строительство. Епископ Св. Иоанн Готский, живший в Партените, был активным сторонником иконопочитания и много сделал для его восстановления в православии. Интересно, что он оказался среди зачинщиков антихазарского восстания в Крыму, которое было подавлено хазарами военной силой. Иоанн Готский был заточен хазарами в тюрьму, откуда сумел бежать в Византию.
Все эти события не обошли стороной Алустон. После стабилизации военно-политической обстановки в регионе, в IX веке территория крепости была расширена и построена новая «хазарская» стена. При этом старая византийская крепость стала играть роль цитадели.
Расширение поселения, постройка новых укреплений, строительство храмов, активная хозяйственная деятельность (следы которой нашли археологи) — все это свидетельствует, что под властью хазар православное население Алустона жило достаточно благополучно.
По свидетельству арабских источников, еще в 60-х годах Х в. Алус принадлежал хазарскому кагану Йосифу. Это было время наибольшего рассвета Хазарского каганата. Но вскоре он пал под ударами Руси, печенегов и хорезмийцев.
Хазарский период истории Алустона длился около 250 лет и закончился во второй половине Х века. В ходе борьбы с хазарами, кочевые племена печенегов заняли степной Крым, а Алустон подвергся их опустошительному набегу и был сожжен.
